L’hypothèse d’un accident de laboratoire comme origine possible de la pandémie de Covid-19 n’est ni majoritaire ni la plus probable, mais elle n’est pas une théorie complotiste : dans une correspondance publiée jeudi 13 mai par la revue Science, une vingtaine de scientifiques de haut niveau appellent à examiner cette possibilité au même titre que celle du « débordement zoonotique » naturel. Ce bref article ne pouvait mieux tomber. Quelques heures avant sa publication, trois travaux universitaires (une thèse de doctorat et deux mémoires de master) menés ces dernières années à l’Institut de virologie de Wuhan (WIV) étaient divulgués sur Twitter, par le compte d’un scientifique anonyme, coutumier des révélations fracassantes.

Rédigés en chinois, les trois mémoires, respectivement soutenus en 2014, 2017 et 2019, n’ont jusqu’à présent jamais été rendus publics ; ils contiennent des informations d’importance. Selon des spécialistes consultés par Le Monde, ils remettent en cause certaines données tenues pour acquises par la communauté scientifique internationale sur le nombre et la nature des coronavirus conservés par le WIV, sur les expériences conduites sur ces virus et même sur l’intégrité des séquences génétiques virales publiées ces derniers mois par l’institution de recherche de Wuhan.

Virus rebaptisé

« Nous savions que les chercheurs du WIV ne rendent pas publiques l’ensemble des données dont ils disposent, dit la biologiste moléculaire Virginie Courtier, chercheuse (CNRS) à l’Institut Jacques-Monod. On est cette fois un cran au-delà : plusieurs de leurs déclarations précédentes semblent contredites dans ces mémoires. »

L’un des enseignements majeurs de ces travaux porte sur le virus baptisé RaTG13, le coronavirus le plus proche du SARS-CoV-2 connu à ce jour – mais trop distant pour être son progéniteur, c’est-à-dire son plus proche ancêtre.

La séquence génétique complète de ce virus – homologue à 96,2 % du SARS-CoV-2 – avait été publiée le 3 février 2020 dans la revue Nature par les chercheurs du WIV. Mais quelques semaines plus tard, une microbiologiste italienne signalait, sur un forum de virologie, qu’un petit morceau du génome de RaTG13 avait déjà été publié par les chercheurs de Wuhan en 2016. Et que le virus en question ne s’appelait alors pas RaTG13, mais Ra4991. En juillet 2020, dans un entretien à la revue Science, la virologue Shi Zhengli, patronne du laboratoire de haute sécurité du WIV avait confirmé qu’il s’agissait du même virus, simplement rebaptisé RaTG13 en 2020.

Or, selon le virologue Etienne Decroly (CNRS), chercheur au laboratoire Architecture et fonctions des macromolécules biologiques, les données de la thèse suggèrent que la séquence de RaTG13 publiée en 2020 n’est pas rigoureusement identique à la séquence de Ra4991, contrairement aux assertions du WIV. « Dans le mémoire soutenu en 2019, différentes régions du génome de plusieurs coronavirus de chauve-souris, dont Ra4991, ont été comparées avec les régions correspondantes du SARS-CoV-1 humain », explique le chercheur.

L’analyse de la thèse suggère que les différences majeures sont localisées sur la partie du génome correspondant au spicule (ou « Spike »), la protéine qui permet au virus de pénétrer dans les cellules de son hôte. « Cela représente une variation de 1 % à 1,5 % sur ce segment du génome, ce qui est significatif et correspond à entre 10 et 15 mutations, sur un domaine jouant un rôle-clé pour l’infectivité du virus », précise le chercheur. Pourquoi de telles différences entre des séquences censées être identiques ? La direction du WIV n’a pas répondu aux sollicitations du Monde.

Des données brutes « insuffisantes pour reconstituer ce génome »

La question est d’autant plus brûlante que l’intégrité de la séquence du plus proche cousin du SARS-CoV-2 est au cœur de nombreuses interrogations depuis sa publication. « Les chercheurs du WIV disent qu’ils ne disposent plus de l’échantillon biologique correspondant, il n’est donc plus possible de reproduire le travail de séquençage, explique Virginie Courtier. En outre, la communauté scientifique réclame depuis longtemps des chercheurs du WIV qu’ils expliquent comment ils ont obtenu la séquence complète de RaTG13 car les données brutes publiées par le WIV sont insuffisantes pour reconstituer ce génome. »

Si RaTG13 taraude tant la communauté scientifique, c’est aussi à cause du lieu où il a été prélevé en 2013 : une mine désaffectée à Mojiang, dans la province du Yunnan. Une mine fréquentée par des colonies de chauves-souris où six ouvriers ont contracté, au printemps 2012, une pneumopathie aux symptômes évocateurs du SRAS ou du Covid-19. Trois y avaient succombé. Avaient-ils été infectés par un coronavirus de chauve-souris ? Combien d’autres coronavirus de type SARS ont-ils été découverts dans la fameuse mine de Mojiang ? Y avait-il parmi eux un virus plus proche encore du SARS-CoV-2 que le fameux RaTG13 ?

En novembre 2020, pressés de questions, les chercheurs du WIV précisent dans Nature avoir récolté, dans la mine de Mojiang, outre RaTG13, huit autres coronavirus de type SARS qui demeurent à ce jour non publiés. Les trois mémoires montrent qu’au moins un autre coronavirus, dont l’existence n’a pas été divulguée, est conservé au WIV.

Ce n’est pas tout. Dans la précision demandée par Nature, les chercheurs du WIV assurent avoir reçu et analysé 13 échantillons sanguins de quatre des ouvriers tombés malades en 2012 dans la mine de Mojiang, sans avoir pu y déceler le moindre signe d’une infection par un coronavirus – la version soutenue aujourd’hui par le WIV (et reprise dans le rapport conjoint OMS-Chine rendu fin mars) est que ces hommes auraient été victimes d’un champignon pathogène. Mais, là encore, les travaux divulgués suggèrent autre chose. Selon l’un des trois mémoires, celui de 2014, ce ne sont pas 13 mais 30 échantillons que le WIV aurait reçus et analysés.

Des trois mémoires, la thèse de doctorat de 2017 présente le travail le plus pointu ; il met à profit des techniques de construction de virus chimériques, sorte de « copier-coller », explique en substance M. Decroly. L’un des objectifs des chercheurs chinois était de tester l’infectivité de différents coronavirus sur plusieurs types de cellules d’humains ou d’animaux, en fonction du spicule greffé sur un même squelette viral.

« Afin d’estimer la menace potentielle pour l’homme des coronavirus de chauve-souris de type SARS, nous avons sélectionné 12 gènes S [c’est-à-dire codant pour des spicules] et provenant de différentes souches de coronavirus, et les avons insérés dans le cadre du génome de WIV1 [un autre coronavirus], explique l’auteur du mémoire. Nous avons réussi à récupérer quatre d’entre eux, désignés comme souches Rs4231, Rs4874, Rs7327 et RsSHC014. » Or, dit M. Decroly, l’étude publiée en 2017 dans la revue PLoS Pathogens, et détaillant ces travaux, ne les a pas présentés dans leur intégralité.

Accentuer la pression sur les autorités chinoises

La divulgation de ces trois mémoires devrait accentuer la pression sur les autorités chinoises. « Il est grand temps que le WIV ouvre ses bases de données à l’ensemble de la communauté scientifique », estime Etienne Decroly. Dans leur lettre publiée le 13 mai par Science, la vingtaine de chercheurs américains ne disent pas autre chose. « Les agences de santé publique comme les laboratoires de recherche doivent ouvrir leurs archives au public, estiment le microbiologiste David Relman (université Stanford), le virologue Jesse Bloom (université de Washington) et leurs seize coauteurs. Des enquêteurs doivent pouvoir documenter la véracité et la provenance des données à partir desquelles les analyses sont effectuées et les conclusions tirées. »

« L’objectif de cette lettre est de fournir un soutien scientifique aux personnes ayant le pouvoir de lancer une enquête internationale, décrypte la biologiste moléculaire Alina Chan (Broad institute, MIT), coautrice de l’article. Ils pourront s’y référer pour dire que des scientifiques de haut niveau, dans toute une série de domaines pertinents, pensent qu’une enquête rigoureuse sur l’hypothèse de l’accident de laboratoire est nécessaire. »

Travaux « risqués »

La présence, parmi les signataires, du microbiologiste Ralph Baric (université de Caroline du Nord à Chapel Hill) est à cet égard notable. Non seulement M. Baric compte parmi les spécialistes les plus réputés au monde des coronavirus et des mécanismes de franchissement des barrières d’espèces, mais il a déjà étroitement collaboré avec le WIV. En 2015, il avait copublié avec les chercheurs de Wuhan, dans Nature Medicine, une étude qui avait défrayé la chronique : les auteurs étaient parvenus à construire, sur la base d’un coronavirus de chauve-souris, un virus chimérique hautement pathogène pour l’homme. Ces travaux avaient fait débat, la revue Nature ayant relayé la controverse, les qualifiant de « risqués ».

« Ralph Baric a personnellement effectué ce type de recherche, et il reconnaît que cela pourrait provenir d’un laboratoire et qu’une telle hypothèse doit être examinée, précise Alina Chan. Nous ne pouvons pas trouver un autre scientifique ayant une expertise plus directe, à moins que nous ne parvenions à faire signer la lettre par Shi Zhengli elle-même. » De plus en plus de personnalités plaident pour une telle enquête. A la surprise générale, Tedros Adhanom Ghebreyesus, le directeur général de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), avait déclaré fin mars qu’une telle investigation était nécessaire. Les travaux de la mission commune des experts chinois et internationaux, copilotés par l’OMS, n’avaient pas pu examiner à fond cette possibilité, avait-il plaidé. Quelques heures après la déclaration du patron de l’OMS, quatorze gouvernements, dont celui des Etats-Unis, formulaient les mêmes critiques.

 

-----------

L’analyse : Covid-19 : comment la Chine mène une guerre de l’information pour réécrire les origines de la pandémie