Covid-19 : le variant anglais poursuit ses inquiétantes mutations

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Selon l’agence sanitaire Public Health England, le variant apparu en Grande-Bretagne commencerait à acquérir des mutations présentes sur les variants sud-africain et brésilien, qui permettent d’échapper partiellement à certains vaccins.

Par Nathaniel Herzberg

 

Le variant anglais continue de muter et ce n’est pas une bonne nouvelle. Dans une discrète mise à jour datée du 26 janvier, de son rapport du 14 janvier, l’agence Public Health England vient d’annoncer que des changements sur le 484e acide aminé de la protéine spike avaient été relevés sur 11 prélèvements de virus séquencés par ses services. Ces mutations correspondent exactement à celles présentes sur les variants sud-africain (B.1.351) et brésilien (P1). Elles sont suspectées de favoriser la résistance du virus aux anticorps développés par des sujets déjà contaminés ou des personnes vaccinées. « Une très mauvaise nouvelle », insiste même Bruno Canard, directeur de recherche au CNRS et spécialiste des coronavirus.


Jusqu’ici, parmi les 19 mutations accumulées par le variant B.1.1.7, apparu en Grande-Bretagne en décembre, l’attention s’était focalisée sur N501Y. A ce changement était attribuée l’augmentation de contagiosité de 50 % environ acquise outre-Manche par le virus. D’autres variations du génome étaient soupçonnées de soutenir cette nouvelle compétence. Mais l’inquiétude autour de cette version du pathogène se limitait, si l’on peut dire, à sa capacité à mieux infecter ses cibles.

Virus dopés

La plupart des travaux effectués sur cette mutation semblaient attester que le virus restait à la merci des anticorps. Une équipe de Seattle conduite par Jesse Bloom l’avait constaté sur du plasma de convalescents. Puis, plusieurs travaux de Pfizer et Moderna avaient assuré que leurs vaccins restaient parfaitement efficaces sur le variant anglais. Dans les premiers résultats de son essai de phase 3, la start-up Novavax notait bien une légère baisse d’efficacité de son candidat-vaccin entre les Etats-Unis (96 %) et la Grande-Bretagne (86 %). Mais cette différence était jugée minime, peu de chose en comparaison de la chute de l’efficacité enregistrée dans le panel sud-africain (48 %).

Ce mutant de l’hémisphère Sud et sa variation E484K provoquaient l’inquiétude. Les mêmes travaux de Jesse Bloom avaient montré que cette mutation était la plus susceptible de permettre au pathogène d’échapper aux anticorps. Deux équipes sud-africaines avaient abouti à la même conclusion. Pfizer-BioNTech et Moderna assuraient que leurs vaccins restaient efficaces mais admettaient qu’il fallait sensiblement augmenter la quantité d’anticorps pour neutraliser ces virus dopés. Enfin, Johnson & Johnson, dans son essai, faisait la même observation, bien que moins alarmiste que ses concurrents de Novavax : B.1.351 émoussait l’efficacité de son vaccin qui passait de 72 % aux Etats-Unis, où la présence des variants reste encore minime, à 57 % en Afrique du Sud.

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Pour achever cette série d’études, on peut encore citer celle réalisée à Cambridge dans le laboratoire du professeur Ravindra Gupta. Les chercheurs ont généré un pseudovirus reprenant les huit mutations sur la protéine spike du variant anglais et y ont ajouté E484K. Ils l’ont ensuite exposé à du plasma de personnes vaccinées par le produit de Pfizer-BioNTech. Ils ont constaté qu’il fallait près de dix fois plus d’anticorps pour neutraliser le nouveau virus que l’ancien. Chez Pfizer-BioNTech, on estime qu’une telle baisse n’affectera que marginalement l’efficacité du vaccin, tant la quantité d’anticorps partait de haut. Le laboratoire insiste également sur l’importance de l’autre immunité, dite « cellulaire », qui ne serait pas nécessairement affectée. Mais chacun retient son souffle en attendant des résultats vraiment rassurants.

« Convergence évolutive »

Plusieurs questions se posent désormais. La première est évolutive : comment cette mutation est-elle survenue ? L’apparition simultanée de mutants différents partageant des variations communes « pourrait correspondre à une convergence évolutive », affirme Etienne Simon-Lorière, de l’Institut Pasteur. Un grand classique de la théorie darwinienne : les mêmes causes en différents points du globe produiraient les mêmes effets. Mais quelles seraient ces causes ? « Il est trop tôt pour dire quelles sont les forces de sélection qui amènent à cela », estime le virologue.

L’apparition du variant en Afrique du Sud et au Brésil, où la prévalence atteint 70 % dans certaines villes ou quartiers, pourrait fournir un indice : les habits neufs du virus lui permettraient d’échapper à la reconnaissance des anticorps. En Grande-Bretagne, la conjonction d’une très forte circulation du virus et d’une campagne de vaccination intensive orienterait dans la même direction.

Björn Meyer, également virologue à l’Institut Pasteur, privilégie une autre explication : cette mutation permettrait de doper N501Y et d’améliorer encore la liaison entre le virus et son récepteur sur les cellules humaines. « Une mutation compensatoire, précise-t-il. Comme si, après avoir modifié un petit rouage dans une horloge, il fallait en modifier un second pour vraiment améliorer l’ensemble. »Le duo gagnant pour le virus. Et perdant pour nous.

D’autant que l’agence Public Health England a apporté une dernière précision : selon ses « informations préliminaires », l’acquisition de la mutation aurait eu lieu plusieurs fois. Pas un mauvais coup de dés, donc. Plutôt des dés pipés pour afficher successivement ces deux mutations. Pour éviter que cela ne se reproduise trop souvent, une seule solution : réduire au maximum le nombre de lancers. Empêcher les transmissions et immuniser rapidement. Car la mutation galope : mardi 2 février, la base de données Gisaid affichait encore dix séquences supplémentaires portant cette modification.