ระหว่างสงครามสุเอซไซนายหรือวิกฤตการณ์สุเอซปี1956 อิสราเอลได้ทำการบุกฉนวนกาซาต่อเข้าไปถึงอียิปต์และรุกเข้าไปได้ถึงแนวคลองสุเอซซึ่งอยู่สุดคาบสมุทรไซนาย ในวันที่ 3 พฤศจิกายน คานยูนิสเป็นเพียงเมืองเดียวในฉนวนกาซาที่มีการต่อต้านโดยทั้งจากทหารอียิปต์และชาวอาหรับปาเลสไตน์เอง แต่สุดท้ายทั้งหมดก็ยอมจำนนต่ออิสราเอล ผลคือมีชาวบ้านอาหรับเสียชีวิต 275 คนและส่วนใหญ่ไร้อาวุธ จนบางครั้งเหตุการณ์นี้ก็ถูกเรียกว่า การสังหารหมู่แห่งคานยูนิสปี1956  

 

จนในที่สุดสงครามหกวันปี1967 คานยูนิสก็ถูกยึดครองโดยอิสราเอล มีชาวยิวเข้ามาตั้งชุมชนจำนวนหนึ่ง อีกยี่สิบปีต่อมา ปี1987 เกิดการลุกฮือครั้งแรก(First Intifada) เกิดการปะทะอย่างรุนแรงระหว่างชาวอาหรับและทหารอิสราเอล

 

ปี1994 หลังสนธิสัญญาออสโลที่ช่วยประณีประณอมหลายๆอย่าง คานยูนิสกลายเป็นเมืองหนึ่งในการปกครององค์การบริหารแห่งชาติปาเลสไตน์ที่นำโดยพรรคฟาตาห์ของนายยัสเซอร์ อาราฟัต อิสราเอลถอนทหารออกจากคานยูนิสรวมทั้งชุมชนชาวยิวต่างๆด้วย จนในคานยูนิสและฉนวนกาซาไม่มีนิคมชาวยิวอยู่อีก หลังจากการฟื้นฟู คานยูนิสก็กลายเป็นศูนย์กลางการบริหารและการศึกษาของฉนวนกาซาภาคใต้ แต่แม้กระนั้นทั้งน่านน้ำและน่านฟ้าก็ยังถูกควบคุมโดยอิสราเอลอยู่ดี

 

เกิดการลุกฮือแห่งอัลอัคซอ (Second Intifada) ในปี2000 นับว่าเป็นเหตุการณ์ที่เมืองถูกโจมตีครั้งร้ายแรงที่สุดครั้งหนึ่ง บ้านเรือนรวมทั้งค่ายผู้ลี้ภัยถูกทำลายไปมาก 

 

ผู้คนบางส่วนเริ่มมองว่าการมีอยู่ของรัฐบาลปาเลสไตน์ใหม่นี้ก็ไม่ได้ช่วยอะไรสักเท่าไหร่ ทั้งสองชาติยังก็ยังปะทะกันบ่อยอยู่เหมือนเดิม ผู้คนในฉนวนกาซาเริ่มเทคะแนนไปให้พรรคฮามาส ช่วงปี2006เกิดการลักพาตัวทหารอิสราเอลชื่อ กิลาด ชาลิต ใกล้ชายแดนฉนวนกาซา ยิ่งจุดประกายความขัดแย้ง เมืองถูกระดมยิง จนปี2007 กลุ่มฮามาสประกาศยึดอำนาจจากพรรคฟาตาห์ ขึ้นมาปกครองฉนวนกาซาด้วยตนเองนับแต่นั้น เกิดความขัดแย้งรุนแรงระหว่างสองพรรคนี้ มีเหตุระเบิดในคานยูนิส ช่วงนั้นฉนวนกาซาถูกลอยแพแม้กระทั่งจากทางอียิปต์ มีเพียงอิหร่านและซีเรียที่คอยช่วยเหลือ แต่เมื่อประมาณปี2012 ฮามาสกับฟาตาห์ก็ได้เจรจาที่จะสร้างรัฐบาลที่เป็นหนึ่งเดียวกันเพื่อปาเลสไตน์ที่เป็นน้ำหนึ่งใจเดียว

 

เมืองนี้นอกจากด้านความสดใสชายทะเลและอดีตที่พักคาราวานแล้ว ก็มีฐานของกล่มติดอาวุธในเมืองเยอะ เหตุก่อการร้าย ก่อความไม่สงบ ลักพาตัวนี่ก็มีคดีอยู่ จึงเป็นเมืองที่ถูกเพ่งเล็งจากอิสราเอลสุดๆ ด้วยเหตุนี้จึงถูกอิสราเอลโจมตีบ่อยตั้งแต่ก่อนฮามาสจะขึ้นมายึดอำนาจเสียอีก และนับตั้งแต่ปี 2007 ที่ฮามาสขึ้นปกครองฉนวนกาซา จรวดกว่าสองพันลูกถูกยิงจากคานยูนิสไปตกฝั่งอิสราเอล โดยส่วนใหญ่จะตกที่เมืองSderot (ส่วนใหญ่จะเป็นจรวดกัซซาม มักจะด้านและตกในบริเวณที่ไม่มีคนอาศัย แต่ครั้งที่สร้างความเสียหายมากๆก็มี)

 

เกิดความขัดแย้งระหว่างอิสราเอลและฉนวนกาซาบ่อยครั้งในช่วงไม่ถึงสิบปีที่ผ่านมา เช่น สงครามกาซาในราวๆปี 2008 คานยูนิสเองก็เป็นหนึ่งในเมืองที่ตกเป็นเป้าโจมตีอย่างหนัก สงครามพรากชีวิตของพลเรือนและทหารของทั้งสองฝ่าย รวมทั้งมีการใช้อาวุธเคมีในสงครามอย่างผิดกฏหมาย อย่างการที่มีการใช้ระเบิดฟอสฟอรัสขาวในบริเวณที่มีพลเรือนอาศัยอยู่อย่างหนาแน่น ทำให้มีผู้คนได้รับบาดเจ็บล้มตายกันไปจำนวนมาก