第一部分【祈司視角】
通訊器響起悅耳的音樂，我打開螢幕一看，是畢瑪博士打來的視訊電話。
「好久不見了，祈司你和伏爾坎最近還好嗎？」博士依舊和藹可親，但她的臉上卻多了些疲憊。
突然，我的後方傳來一陣熱氣，兩道噴射火焰直衝而來，衝擊在一起變成一道熊熊烈火。
「你那裡還真是＂熱＂鬧！」博士意有所指的說。
「是伏爾坎和哈帝斯在玩。」我向牠們招招手，伏爾坎（火球鼠）和哈帝斯（黑魯加）便停止嬉戲跑了過來，我把螢幕拿低讓他們也能和博士打招呼。
博士笑了笑：「看來精神都很好呢！」
「是啊！倒是博士您看起來好像很累，最近研究所很忙嗎？」
「最近後山時常會有神奇寶貝暴動，然後造成神奇寶貝們受傷的狀況，我們要處理的事情也就變多了，只有我和浪部兩個人都快忙不過來了。」
原來是發生了這樣的事情，畢瑪博士和浪部還真是辛苦。
「那有什麼事情我能幫上忙？」
「剛剛有個孩子已經幫我處理好後山的事情，想拜託祈司的另有其他任務。」
伏爾坎爬到哈帝斯背上，一邊用小手拍拍哈帝斯、一邊好奇的東看西看，我怕這兩個愛玩的孩子會亂跑，就先示意哈帝司坐下，並摸了摸牠的頭，當牠一坐下，在牠背上的伏爾坎就像玩溜滑梯，順著曲線往下滑落。
我向博士點點頭：「請說吧！」
博士便將事情娓娓道來：「除了我們這裡，其他地方也有奇怪的事情發生，像是瑪幽海域異常的氣候，還有長翅歐群集體失蹤。海洋研究所傳來的資料顯示前陣子狂嘯石群發生了嚴重的海底地震，我希望你能幫我去調查一下，看看這些事情是否有關連。」
聽起來是件有些複雜的事情。
「我知道了，我會先去最近的七號沙灘著手調查。」
「你一個人去我不太放心，還是找幾個伴吧，畢竟狂嘯石群那兒很危險……對了！」博士轉過頭去對不在螢幕前的另一個人說話：「雖然已經讓你幫忙後山的事情了，但還是麻煩你再多跑一趟可以嗎？」
不知道那人回了些什麼，只見博士離開了螢幕，再出現時身旁就多了個藍髮少年。
「你們先認識一下吧！」
我先開口道：「我是祈司，旁邊的是我的夥伴伏爾坎和哈帝斯。」
少年清澈的藍眸如海洋般深不見底，他露出溫和的笑容：「你好，我的名字是洛，牠是妙蛙。」
畫面上出現一條綠色的籐鞭揮了揮，像是在打招呼。
「嗯……要不要再找一個人呢？」博士還是不太放心，她直覺的認為這次事件一定沒那麼簡單。
「不然我等下聯絡符兒？」我建議道。
「也好，你們是一起長大的朋友應該比較有默契。」博士思考了下便說：「而且符兒雖然年紀比你們小，但實力可不會輸。」
應該說，和身為培育家的自己比起來，符兒的對戰經驗可要多了許多。
「那我們等會兒見了！」和洛交換了通訊號碼後，我便打給符兒，但是電話的那頭卻一直沒有回應。
我想先去七號沙灘，之後再想辦法聯絡她，於是我叫出熱帶龍，立刻動身前往沙灘。
天氣晴朗、陽光普照，向是日常平靜的海灘，實在看不出來有什麼問題，把伏爾坎放在沙灘上，我拿出通訊器再一次想和符兒取得聯繫。
伏爾坎抬頭望著遠處，突然牠像是發現了什麼，自顧自地往大海的方向跑去。
「伏爾坎！你不可以亂跑啊！」我追了上去，不知到這好奇寶寶又被什麼吸引了注意。
順著伏爾坎奔跑的方向望去，竟然有一隻乘龍倒在沙灘上，伏爾坎用小手摸了摸乘龍，看牠連抬頭的力氣也沒有，伏爾坎著急的像我呼救。
跑到乘龍身邊，我發現牠很虛弱，而且身上沾滿了沙子，叫出海默（海星星）讓牠往天空噴水，猶如噴水池的效果，點點水珠落在乘龍身上，希望這樣能讓牠舒服些。
不遠處一名藍髮少年向我們跑來，身邊跟著妙蛙種子，而牠的藤鞭纏繞在牠身後男子的腰間，拉著他跑。
「請救救牠！」少年擔憂的看著乘龍。
我這才看清少年的面孔，他不就是──
男子氣喘吁吁的說：「我、我就只是個漁夫，可不會什麼急救啊！」
我上前拍拍少年的肩說：「洛，別緊張！我們打電話給博士看要怎麼辦吧！」
洛這才發現我是誰，他點點頭並拿出通訊器。
突然，從附近傳來一聲長鳴，應該是鯨類的聲音，接著一道水柱沖上天際。我們面面相覷，不曉得到底發生了什麼事情，漁夫先生開口打破沉默：「這裡就教給我吧，我連絡其他人來幫忙。」
「那我們去看看發生了什麼事。」我才剛說完，就發現伏爾坎已經跑在前頭，我連忙跨步追上去。
洛則是看像妙蛙（妙蛙種子），待妙蛙點頭後，才一起追了過來。
噴起的水柱化成嘩啦嘩啦的水滴落在我們身上，眼前的景象使我們呆愣在原地，沙灘上躺著群奄奄一息的乘龍，還有穿著水藍制服的人在小心翼翼地搬運乘龍。
伏爾坎張望四周，然後朝一抹粉紅的身影跑去。
「葛格用念力！」符兒指揮葛格（哥達鴨）用念力移動乘龍，她感覺到腳邊有柔軟的觸感，低頭一看原來是伏爾坎，她抱起伏爾坎蹭了蹭並問道：「伏爾坎你怎麼會在這？」
我正要上前，就聽見另一個熟悉的聲音：「伊布！」
符兒的小伊（伊布）出現在妙蛙身旁，牠們友好的打招呼。
我們走上前和符兒詢問事情的經過，只見她搖頭回答：「我不知道發生了什麼事情，我一來就發現乘龍們倒在沙灘上，所以我找海洋巡邏隊的哥哥姐姐來幫忙，他們會把乘龍送去療養。」
於是我們便幫忙把乘龍移到濕布上，再搬運到特殊的運輸車上，成年的乘龍的重量可以達到220公斤……光憑人的力量是無法搬動的，這時也只能藉助神奇寶貝的力量，但除了妙蛙能幫上忙，伏爾坎和小伊都只能在一旁精神支援。
「符兒，這邊結束了！可以停止了！」一名女子拍拍符兒說道。
「艦長回來吧！」符兒收回剛剛在幫忙噴水的吼吼鯨。
大家都全身濕漉漉的，分不出是海水還是汗水了。
「嘿！那邊的兩個少年！」是漁夫先生，他朝著我們跑來：「我和朋友們把乘龍送去神奇寶貝中心了！」
聽到那隻乘龍沒事，我們也就安心了。怕還有其他擱淺的乘龍，海巡隊隊員也沒休息，立刻開巡邏海灘的每個角落。
而我們終於有時間可以談論任務了，我向符兒說了博士交代的事情，並向她介紹其他人。
「這是洛、妙蛙，那位是漁夫先生。」
符兒露出笑容伸手握住妙蛙的籐鞭說道：「我的名字是夏符兒，可以叫我符兒！牠是我的搭檔小伊。」
洛微笑向她點點頭。
漁夫先生突然想到了什麼，大喊了一聲：「啊！我想到了，我聽同行的說最近瑪幽海域起大霧時會看見奇怪的黑影。」
「那該不會是神奇寶貝？」
「不知道，沒有人看過他的真面目。」
「關於長翅歐的失蹤，您知道些什麼嗎？」
當漁夫先生陷入沉思，妙蛙用藤鞭從洛那拿了一個寶貝球放到眾人面前。
洛伸手按了下寶貝球，一隻長翅歐出現在沙灘上。
「讓長翅歐帶我們去找長翅歐們。」洛代替妙蛙說道。
還真是個好主意！
長翅歐不安的用腦袋拱了拱洛，牠一直望向看不見邊際的海。
「要到海上的話，搭我的船吧！」
搭乘漁夫先生的船，我們在長翅歐的帶領下航行在茫茫汪洋中，今天的海異常安靜，像是少了生命力的世界。
小伊和伏爾坎也忐忑不安的走來走去，妙蛙則是在一旁安撫牠們。
洛站在船緣看著海面，他說：「從剛剛就沒看見生物。」
感覺不太對勁。
似乎是受不了這樣無聲的寂靜，符兒拍了拍自己的臉頰，打起精神說：「不管怎麼樣，大家再一起就不用害怕了！」
漁夫先生停下船，指著不遠處一個一個的漩渦說道：「只要通過那些漩渦就會到狂嘯石群了，接下來的路船沒辦法通過。」
長翅歐盤旋在船的上方，等待我們下一步的動作。
「艦長ＧＯＧＯ！」符兒率先叫出艦長，她抱著小伊直接跳到牠身上。
洛想了想把妙蛙收回寶貝球裡，然後喚出水精靈，一起跳入海中。
我向漁夫先生道謝後，抱著伏爾坎坐上熱帶龍跟著其他人一起跟上長翅歐。
「你們一路小心阿！」漁夫先生的聲音迴盪在海面上，我們回頭向他揮揮手道別。
搭乘各自的神奇寶貝，我們順利通過漩渦，安全抵達狂嘯石群的某一座小島上。
第二部分【洛】
在三人安全的抵達小島後，他們開始在小島上到處亂逛，並希望能找到一些關於神奇寶貝們異動的線索或是造成這種現象的真正原因。這時，很突然的有個暴雪王衝出來並開始攻擊三位訓練家。在大家反應過來後的第一時間內，祈司便拿出自己帶的食物，並希望能使用食物去吸引住暴雪王的注意力，進而讓他在吃東西的同時冷靜下來。雖然洛曾經猜想過祈司有可能不會成功，但是，不管如何祈司最後還是成功使用食物讓暴雪王在轉移注意力的同時也冷靜下來了。洛也為能使用如此和平的方式解決一件事情而感到開心。
當祈司在使用食物讓暴雪王轉移注意力的時候，夏符兒在另一邊發現有一群瑪狃拉正在四處逃竄，並嘗試逃離這座小島。這群在四處逃竄的瑪狃拉給人的感覺就像是有個很恐怖的生物在他們身後追趕著他們一樣。而他們所能做的唯一一件事就是努力的逃，因為以他們弱小的身軀和力量是無法抵擋這生物的入侵的。當符兒面前這一大群瑪狃拉飛快的逃走後，她在石縫中發現了一隻嬌小的瑪狃拉。『看樣子是因為大家太匆忙的逃走中被卡住了，但是因為太過於匆忙所以沒有發現這一隻的存在。』這樣想著的符兒便決定出手救助這隻可憐的瑪狃拉並希望牠還來的及跟上前面的大部隊。當符兒把小瑪狃拉從石縫中救出後，符兒並沒有發現這隻瑪狃拉並沒有去追上前面的大部隊，反而是偷偷地跟在自己的身後。
另一邊，洛發現有一隻行為相對於暴雪王和瑪狃拉的行徑來說頗為怪異的勾魂眼。這隻勾魂眼他唯一讓洛發覺比較奇特的是，牠只是盯著海平面上，好似下一秒就會有什麼東西浮上來一般。「嘿！各位看一下這隻勾魂眼！這隻勾魂眼怪怪的，話說你們會不會覺得牠盯得是很有根據，有可能下面真的有什麼？」洛對著他的兩位夥伴們叫到，並希望能藉此吸引到其他兩位的注意力。果真，其餘兩位夥伴馬上就把注意力轉了過來，三個人便開始討論到底是什麼東西在海底深處。
過了一會兒，三人終於大致上討論出了一個看起來比較像是真實的原因或是線索。「可能是一個傳說中或是非常強大的神奇寶貝在下面沉睡，但是因為某些天然災害等因素牠就這麼地被吵醒了。」祈司說道。「然後這位甦醒的神奇寶貝牠的甦醒時的氣味影響到這些在這座島上的弱小神奇寶貝們，致使他們有突然攻擊或是四處逃竄的行為。」符兒接著說道。「所以這隻勾魂眼可能比較聰明，並能自己發現有什麼東西就在這底下。」洛結語。
在三人討論完畢後，洛轉過身發現勾魂眼還在原地沒有離開，而海面下的東西看來是真的危險到連勾魂眼都抵擋不住的。「喂！勾魂眼，快走開！快離開海邊！那東西的能量太大了，是你無法承受的！」洛焦急地對著勾魂眼大喊。但是，勾魂眼就像聽不懂洛的話語一樣，他並沒有離開，只是跑到洛的前面開始跟洛大眼對小眼而已。「呃……你跑過來做什麼？我和我的朋友們要深入海中去一探就近，而這對你來說實在是太危險了！」洛因為勾魂眼跑到他的前方所以有些錯愕，同時，又在猜想這隻聰明的勾魂眼該不會是想和他們下去一探究竟吧！然而，聰明的勾魂眼就像是看穿了洛在思考什麼似的，點了點頭認同了洛的思考。
又過了約五到十分鐘後，洛終於從和勾魂眼大眼對小眼中敗下陣來，洛放棄勸說勾魂眼離開的想法。最終，洛想到了一個比較算是折衷的辦法，「你要跟我們下去可以，但是你必須要先被我收服。」看勾魂眼有點聽不懂的歪頭的可愛樣子，洛笑著解釋道「因為等等下去後若有危險的話，你可以馬上就回到神奇寶貝球中。我並不希望你受傷，想必你也不希望自己受傷吧！」洛篤定的說著，勾魂眼在停頓了幾秒後終於弄懂了洛的意思，也願意被洛收服。
等洛收服了勾魂眼後，他、祈司和夏符兒就開始尋找能知道到底是什麼東西在海下面的線索了。
第三部分【夏符兒】
海面下出現巨大的黑影，像是某種生物焦躁不安的游來游去，看來事情可能與牠有關。
「下去看看吧！」雖然游泳技術不太好，但夏符兒仍不害怕的往水裡跳，並叫出球寶寶（小球飛魚）一起往水底下潛。
「海默，先下去陪符兒，別讓她做危險的事情。」祈司連忙喚出海默（海星星），讓牠看照符兒。
然後，祈司轉過身拍拍伏爾坎和被符兒留在岸上的小伊，並對一旁的哈帝斯交代：「哈帝斯這裡就拜託你了。」
哈帝斯蹭了蹭祈司作為回應。
「我也下去了。」洛向妙蛙示意後，就在水精靈和太陽珊瑚的陪伴下潛入海中。
「靈湮、飄飄兒我們走吧。」祈司潛入海中，左邊是靈湮（角金魚）、右邊是全身粉紅的飄飄兒（輕飄飄）。
留在岸上的神奇寶貝們互看了一下，然後圍成圈圈開始討論，在岸上牠們可以幫忙做點其他的事情。
最先入水的夏符兒雙手抓著球寶寶，半趴在牠身上，突然一抹藍色迅速的從他們面前滑過，造成一陣亂流，球寶寶嚇了一跳並被亂流干擾往後退了幾步，而夏符兒手沒抓好被往後一甩，幸好有海默跟在後方，穩住夏符兒的身體。
夏符兒拍了拍海默表示感謝，然後再次趴上球寶寶，伸手指著那抹藍色離去的方向，球寶寶便往那方向追了上去。
好巨大──這是夏符兒看見牠的第一個想法，恐怕比吼吼鯨還要巨大了，不過牠到底是什麼？
抓著球寶寶示意牠往左側，隔著一段距離，夏符兒這才看清牠的全貌，看清楚後令夏符兒到抽一口氣，然而她卻忘了自己身在水中，於是吸進了一大口海水，她趕緊用雙手捂住口鼻，表情十分難受。
一隻溫暖的手從後方攬住夏符兒的腰，帶著她往海面上游。
「咳、咳……」夏符兒伸長脖子害怕再次吸入海水。
「還好嗎？」身後那人輕拍夏符兒的背。
「咳、我沒事。」夏符兒回頭就看見洛擔心的眼神，她撥開濕漉漉的頭髮向他露出微笑，不過剛剛看見的那隻神奇寶貝……
「剛剛我看見了……」
「是蓋歐卡。」洛也清楚的看見了那抹巨大身影，而他現在有點擔心剛剛也跟在蓋歐卡身旁的祈司。
「妳先休息，我去找祈司。」
夏符兒抓著海默，與球寶寶在海面上飄浮，她看著洛與水精靈、太陽珊瑚一同消失在海面上，心裡總有些不安。
洛手扶著水精靈回到海底，馬上就看見那亂竄的蓋歐卡，牠迅速的劃過海水造成亂流、焦躁的低鳴引起神奇寶貝們的不安、當牠迴轉尾巴一甩就造成巨大的水波動，附近的鐵砲魚群被亂流打散，鐵砲魚緊張的亂竄以至於互相撞在一起，混亂中有的鐵砲魚不小心使出水砲，飄飄兒拉著祈司躲開水砲，靈煙也專注的觀察四周，以免不長眼的水砲又衝過來。
突然，洛感覺到水精靈帶著他往旁邊一閃，側著頭就看見太陽珊瑚擋在他身前與一隻海刺龍互相瞪眼。
海刺龍先發制人使用泡沫光線，太陽珊瑚雖然被打中，卻像沒事一樣甩甩身體，也用泡沫光線回擊，海刺龍被擊中後退了一段距離，牠望見正要往這游的蓋歐卡，馬上轉身就逃。
洛感覺到有人拉住他的手臂往上游，原來是祈司一手抓著他、一手扶著靈煙，而一旁的飄飄兒則是拉著太陽珊瑚，他們看起來似乎很著急，洛往回一看，這才發現蓋歐卡朝著他們游了過來，巨大的臉朝著他們而來，使得他們感覺到壓力，不過一下子，蓋歐卡就游到他們身旁，他們被水流帶著跑，在蓋歐卡躍出水面的剎那間，一行人也被帶出海面飛到半空中。
『啊！』三個不同音調的叫聲重疊再一起，在空中夏符兒、祈司與洛互相對看，同時蓋歐卡落入水中，漸起巨大的浪花。
夏符兒丟出一顆寶貝球，葛格出現用念力讓所有人緩緩降落在海面上。
「得先想辦法讓蓋歐卡冷靜下來。」祈司喘了口氣，在海中活動消耗了不少體力，他看起來有些狼狽。
「馬上出發！走吧！」夏符兒剛剛休息過，比起祈司和洛她的體力恢復得差不多了，雙手搭在球寶寶身上，立刻就潛入海中，而海默和葛格也趕緊跟著下去。
「符兒！等等啊！」來不及阻止符兒，祈司只能嘆了口氣：「一個人單獨行動很危險的……」
洛拍了拍祈司像是在安慰他，然後兩人也緊接著潛入海中。
夏符兒指著不遠處的蓋歐卡，並示意葛格上前攔住牠，葛格在水中猶如快艇一下子就到蓋歐卡前方，牠用念力做了屏障擋住蓋歐卡，這個舉動吸引了蓋歐卡的注意，在海默的保護下，夏符兒趴在球寶寶背上，讓球寶寶迅速游到蓋歐卡面前，在巨大的身形前，他們感覺到自己的渺小。
洛和祈司指揮著自家的神奇寶貝疏散亂成一片的鐵砲魚群、保護夏符兒防止她被攻擊，並慢慢接近蓋歐卡。
夏符兒停在蓋歐卡面前，伸出雙手輕輕的撫摸蓋歐卡，雖然不能言語，她把頭貼在蓋歐卡臉上──別怕，我們是來幫忙的。
球寶寶也上前學著夏符兒的動作，牠把臉貼在蓋歐卡面前蹭了蹭。
似乎是感受到善意，蓋歐卡逐漸冷靜了下來，牠頂了頂夏符兒，讓她坐到自己身上，然後輕輕擺動左鰭把洛和祈司他們也搧到自己身上，於是三個人和神奇寶貝們坐在蓋歐卡身上，牠緩慢的游動把大家帶到某個被岩石掩埋之地。
大大小小的岩石堆疊再一起，似乎是因為海底地震而造成的，蓋歐卡在岩石堆上方打轉，輕輕頂了頂石頭。
祈司比了些手勢──岩石底下可能有些什麼。
洛點點頭比了些動作示意──把岩石搬開來吧。
夏符兒直接拿出寶貝球叫出水系的夥伴們，奧德（暴鯉龍）用尾巴捲起一塊岩石往旁邊游，並讓加菲爾（海星星）和海默一起打碎過於巨大的岩石，其他夥伴們便開始把小石子搬到艦長（吼吼鯨）背上，集合成一堆後讓鑑長帶到旁邊。
吐了幾顆泡泡，夏符兒被人拉著往上游，一邊是祈司、一邊是洛。
「要記得換氣啊！」浮出水面祈司伸手拍了拍夏符兒。
「再加油一下就能完成了。」洛也伸手摸摸夏符兒的頭。
深吸了一口氣，三人又潛入水中，經過幾輪的換氣，終於把岩石清理完畢，在岩石下方出現一個洞，蓋歐卡開心的在大家身旁繞啊繞，小心翼翼的蹭了蹭三個人，然後慢慢游回洞裡，想必那裡就是蓋歐卡沉睡的地方。
完成任務的三人拖著疲憊的身軀回到小島上。
「大家辛苦了。」洛讓水精靈和太陽珊瑚回到寶貝球中，並露出笑容，妙蛙用頭頂了頂洛的手，小伊、哈帝斯和伏爾坎也蹭了蹭自家主人。
當三人回頭一看，同時露出驚訝的表情，在他們身後是一大群遍佈島上的長翅鷗，幾隻神奇寶貝露出得意的神情，牠們把長翅鷗都找回來了。
洛伸出手讓長翅鷗停在他手臂上，用手指輕輕順過牠的羽毛。
夏符兒感覺到似乎有人一直盯著她看，咦？在角落的那個好像是瑪狃拉，夏符兒拖著疲憊溼答答的身體走過去，蹲下身子向瑪狃拉伸出手，那隻膽小的瑪狃拉悄悄看著她。
「抱～」夏符兒撒嬌的對著瑪狃拉敞開手臂，瑪狃拉猶豫了一會兒，然後直接撲到夏符兒懷中。
抱著瑪狃拉的夏符兒搖搖晃晃的走回祈司和洛的身邊，突然她的肚子發出咕嚕咕嚕的聲音。
祈司摸了摸夏符兒的頭，並對著洛提議道：「一起去吃飯吧？」
洛笑著點頭。